Malaysia Airlines основана в 1947 г. компаниями Strauts Steamships Company и British Overseas Airways Corporation. Полеты начала под названием Malayan Airlines, выполняла их между Куала-Лумпуром и Сингапуром. В 1957 г., после обретения Малайзией независимости, авиакомпания была национализирована, в 1967 г. была переименована в Malaysian Airways, в 1966 г. - в Malaysia-Singapore Airlines. В 1972 г. разделилась на Малазийские и Сингапурские авиалинии (Singapore Airlines).
По состоянию на начало июня 2014 г. флот компании состоял из 94 самолетов: 19 Airbus A330, 6 Airbus A380, 53 Boeing 737, 2 Boeing 747 и 14 Boeing 777. У Malaysia Airlines есть две дочерние региональные авиакомпании - Firefly и MASwings. Компания находится в 100-процентной собственности государства.
Выручка Malaysia Airlines в 2013 г. составила 4 млрд 760 млн долларов США, чистый убыток - 367 млн долларов.
Катастрофы с самолетами авиакомпании происходили в 1977 г. (разбился Boeing 737, выполнявший рейс Пинанг - Куала-Лумпур, в результате захвата и крушения самолета погибли 100 человек) и 1995 г. (в результате крушения Fokker 50, летевшего из Кота-Кинабалу в Тавау погибли 34 человека). 8 марта 2014 г. пропал самолет Boeing 777, выполнявший рейс из Куала-Лумпура в Пекин, на борту находились 227 пассажиров.